Исаак Цилков был сыном талмудиста Моисея Арона Цилкова из Бежуни. Он вырос в ассимиляционистской и реформистской среде Варшавской раввинской школы, которую окончил в 1859 году. Затем он год изучал медицину, но прервал учебу и благодаря стипендии ассоциации Ломдей-Тора отправился в Берлин для углубленных философских и теологических исследований. Он получил докторскую степень по философии и семитской филологии в Университете Галле. После Январского восстания вернулся в Польшу. В 1865 году он стал проповедником в синагоге на улице Даниловичовской, где читал проповеди на польском языке. Он стал первым раввином Большой синагоги в Тломацких воеводствах, где выступил на церемонии ее открытия в 1878 году, призывая к взаимопониманию и терпимости между религиями. Эта речь, произнесенная на польском языке, вопреки предписаниям российских властей, стала поворотным моментом в общественной жизни варшавских евреев-реформаторов. Более 30 лет он переводил еврейские книги Ветхого Завета на польский язык. Первый перевод Псалмов появился в 1883 году. В 1895 году Тора (т. е. так называемое Пятикнижие, первые пять книг Ветхого Завета) была опубликована в двух изданиях (с комментариями и без них). Затем, в первые годы 20 века, были опубликованы и другие книги. Эта работа считается первым переводом Ветхого Завета, основанным преимущественно на еврейской версии.